С 2022 года эта тема приобрела явное значение для безопасности и в Эстонии, поэтому были приняты поправки к Закону о церквях и конгрегациях, подобные украинскому закону, который предусматривает возможность через суд прекратить деятельность связанной с государством-агрессором церкви. При этом эстонские власти заявляют, что новый закон преследует цель не противодействовать православной вере или отдельным верующим, а устранить угрозы влияния России. 

9 июня министр внутренних дел Эстонии Игорь Таро заявил, что функционирующие в стране религиозные организации не должны находиться в административном или ином подчинении структурам за рубежом, если те поддерживают агрессию, войну или терроризм. Конечно, основным объектом таких перемен является церковь Московского патриархата. 

По словам министра, необходимость таких изменений напрямую связана с политикой России и полномасштабной войной против Украины. Эстония также открыто признает, что руководство Русской православной церкви, в частности, патриарх Кирилл, системно поддерживает российскую агрессию и выступало союзником Кремля для оправдания войны.

В то же время, подобно Украине, эстонское законодательство предусматривает сложную процедуру потенциального закрытия промосковской церкви. После публикации закона в государственном вестнике Riigi Teataja начнется шестимесячный переходный период, когда Министерство внутренних дел будет проводить консультации с религиозными организациями и помогать им привести свои уставы в соответствие с новыми требованиями. Эстонские власти прямо подчеркивают, что не планируют закрывать церкви или монастыри, а окончательные решения о возможном прекращении деятельности любой религиозной организации могут приниматься исключительно судом.

Эстонская христианская православная церковь ранее была известна как Эстонская православная церковь Московского патриархата, но сменила название в 2024 году. Также она изменила устав и заявила о полной самостоятельности в административных, хозяйственных, образовательных и гражданских вопросах, убрав официальное упоминание о Московском патриархате.

Однако формальный отказ от подчинения не изменяет того факта, что он все еще имеет каноническую связь с РПЦ, подобно УПЦ. Также следует помнить, что духовенство Эстонской христианской православной церкви не высказывалось четко по поводу войны России против Украины и избегает четкого определения агрессора. Это многократно вызывало критику в эстонском обществе, что усугубляет лояльность эстонцев к новому закону.